1、水电开发引起争议。尽管水电建设和生态保护不存在根本对立的问题，而且从全局的角度考虑，水电建设有利于环境保护，并符合我国可持续发展战略的要求，但水电开发对生态环境特别是对水环境和鱼类带来一些不利影响，同时西部水电建设还涉及部分自然保护区等问题，再加上环境保护法规不健全，使得“十五” 期间水电开发引起争议，影响水电开发进程。
2、水库移民安置工作有待完善。水电工程建设淹没了耕地，移民安置不够完善，使一部分移民的生产生活水平没能很好恢复，给社会稳定带来不利影响。水电工程所在地区域基本都是不发达地区，移民受教育程度普遍偏低，他们能够接受的安置途径也非常有限，并且目前已有的移民安置途径也非常狭窄，弥补完善水电工程移民安置工作艰难。从八十年代起，国家和有关部门先后制定并颁发了一系列有关水库移民的政策法规，对搞好水库移民工作起了重要作用。随着社会主义市场经济体制度建立，有些法规已不能完全适应变化了的情况，亟待修订完善。
3、水电建设体制有待完善。当前在水电建设体制方面既存在一条河流基本由一家投资主体开发的模式，也存在一条河流不同梯级电站由不同投资者开发的局面。为了增强流域水电建设的投资能力，增强流域梯级滚动开发，切实提高水电发展速度，又能使上下游梯级在建设和运行中相互协调，需要研究和推行流域开发公司制，按照有关政策，流域开发公司吸纳各投资主体参与流域水电开发和运行管理。
4、需要进一步落实水电供电市场。随着电力体制的改革和水电的经济效益和社会效益被社会的认识，投资者开发水电的积极性很高，西部水力资源大省为落实国务院关于西部大开发的有关政策，也积极支持和鼓励境内的水电开发，“十五”期间有较大规模的水电站开工，这些水电站在2010年至2015年投产后的发电效益将取决于未来本省的电力市场情况和“西电东送”受端电网的市场情况以及外送输电系统的规划建设情况。如不能及时落实电力市场和配套建设输电系统，将不利于能源资源的合理利用，不能充分发挥其经济效益和社会效益。