地下水保护应以预防为主。为此，必须进行必要的监测，一旦发现地下水遭受污染，就应及时采取措施，防微杜渐。最好是尽量减少污染物进入地下含水层的机会和数量，诸如污水聚积地段的防渗，选择具有最优的地质、水文地质条件的地点排放废物等。
水质污染的危害:
（1）对环境的危害，导致生物的减少或灭绝，造成各类环境资源的价值降低，破坏生态平衡。
（2）对生产的危害，被污染的水由于达不到工业生产或农业灌溉的要求，而导致减产。
（3）对人的危害，人如果饮用了污染水，会引起急性和慢性中毒、癌变、传染病及其他一些奇异病症，污染的水引起的感官恶化，会给人的生活造成不便，情绪受到不良影响。
防止地下水污染的一般规定:
1 禁止企业事业单位利用渗井、渗坑、裂隙和溶洞排放、倾倒含有毒污染物的废水、含病原体的污水和其他废弃物。
2 在无良好隔渗地层，禁止企业事业单位使用无防止渗漏措施的沟渠、坑塘等输送或者存贮含有毒污染物的废水、含病原体的污水和其他废弃物。
3 在开采多层地下水的时候，如果各含水层的水质差异大，应当分层开采，对已受污染的潜水和承压水，不得混合开采。
4 兴建地下工程设施或者地下勘探、采矿等活动，应当采取保护性措施，防止地下水污染。
5 人工回灌补给地下水，不得恶化地下水质。