马来西亚总体位于纵贯缅泰马的巽他褶皱带的南部。马来半岛主要由中、古生界和海西一印支期花岗岩组成，大致可分为西部的冒地槽带和东部的优地槽带。中央山脉大致相当于冒地槽的中央隆起带。东马地区以卢帕河为界，可划分出西婆罗基底和西北婆罗地斜两个构造单元，显现出不同的大地构造演化历史 。
马来西亚探明矿产有30多种，锡矿资源非常丰富，素有“锡国”美称。除锡外，石油、天然气资源也比较丰富。
1. 石油和天然气
2006年全国石油剩余探明储量41100 万吨，天然气储量21238亿立方米。主要分布在近海的三个储油盆地：
(1)马来盆地。面积约22.4 万平方公里，呈北西-南东走向，第三系厚达1万米，主要为非海相地层，向东南海相地层渐发育。北部以南北向断层控制的断块及背斜为主，主要分布一些气田。南部受中新世未构造运动的影响，形成一些背斜型油田。含油气层系主要为下一中中新统，埋深1500-3000 米。主要油田包括杜兰(Dulang)油田，塞利基油田（Seligi）等。
(2)沙捞越盆地。面积22 万平方公里，呈北东东向延展，第三系厚1 万米以上，主要为沿海碎屑岩，向东北变为海相页岩和灰岩。主要储油层，在南部的巴兰河三角洲地区为中新统三角洲砂岩体；在中央鲁康尼亚为中中新统及上新统碳酸盐滩及生物礁。
(3)沙巴盆地。面积约3.4 万平方公里，呈北东方向延伸。第三系厚1 万米以上，复杂变形的上第三系砂岩和页岩不整合于紧密褶皱或部分变质的下第三系之上。证实石油储量10 亿桶以上。主要油田构造为挤压式背斜，储油层为中-上新统浊积砂岩及三角洲砂岩。
2.煤
2005年储量为17亿吨，主要分布在沙捞越州、沙巴州、霹雳州、雪兰莪州和玻璃市州，其中14亿吨（约82%）位于沙涝越州。沙捞越州的美里一皮拉煤田煤层厚1-3 米，为高挥发，中灰分、低硫次烟煤，资源量超过3.87 亿吨。锡里泰克煤田煤层厚约1 米，产自始一渐新统锡里泰克组；宾土卢煤田蕴藏有2000万吨低灰分，高挥发烟煤，热值可达7000-7500 大卡/公斤，主要用作冶金用煤；沙巴州的煤田主要分布在梅里瑙盆地，至少有2 亿吨烟煤。
3.锡
锡储量100 万吨（2005年资料 ），仅次于中国，居世界第二位。马来半岛11 个州中有9 个有锡矿，但以霹雳州和雪兰莪州最多。矿石类型以砂矿为主，主要为冲积砂矿，如世界著名的坚打谷锡矿区和吉隆坡锡矿区，矿石矿物为锡石，伴有独居石、钛铁矿和磷钇矿等，大多来自印支期花岗岩与志留-二叠纪碎屑岩和灰岩内外接触带附近的锡石一石英脉。原生锡矿占次要地位，其成因类型有：(1)热液型矿床。多为锡石一石英脉型矿床，矿石分布在泥质岩层的裂隙中。主要矿石矿物为锡石，伴生有黄铁矿、黄铜矿、毒砂、黄玉、黄锡矿、闪锌矿、石英和铬铁矿等。有的伴有强烈石英岩化。代表性矿床如双溪林明锡矿。(2)接触交代(矿卡岩)型矿床。其特征是锡石发育在花岗岩体与碳酸岩接触处的矿卡岩带中，锡矿化集中在断裂交叉部位及交汇入，如马樟萨塔洪、武吉伯西等矿体。(3)伟晶岩型矿床。规模一般较小，产于各类伟晶岩中，除锡石外，主要伴生矿物有电气石、白云母、
黄玉、萤石和绿柱石等，如柔佛州的巴克里矿床。
4.铝土矿
马来西亚的铝土矿资源主要分布于沙涝越州的Bukit Batu、Bukit Gebong、Lundu-Semantan和Tanjung Seberang，沙巴州的Bukit Mengkabau 和Labuk Valley，和柔佛州的Bungai Rengit。据1994年资料铝土矿储量1400 万吨，概略储量7530 万吨。
5.铁矿石
矿床规模均不大。主要矿床有丁加奴州的武吉伯西、柔佛州的佩莱卡南和沙巴州塔瓦伊高原铁矿。武吉伯西和佩莱卡南铁矿均为接触交代矿床，与花岗质侵入岩有成因关系，主要矿石矿物为磁铁矿，塔瓦伊铁矿为残余矿床，产于超基性岩风化层中，推测矿石储量7500 万吨，含Fe40-49%，含Ni0.4-0.55%，矿区面积约15 平方公里。